Ett år har gått sedan Leonardo, Michelangelo, Donatello och Rafael besegrade Shredder. Men fotklanen är på återuppbyggnad och sköldpaddornas hemliga högkvarter är avslöjat. Medan de gömmer sig hos sin vän, reportern April O’Neil, uppstår märkliga mutationer hos växter i staden. När mutationerna drabbar en varg och en alligatorsköldpadda – Razhar och Tokka, får gänget två nya fiender helt i sin egen kaliber.