Verdens yndlingspindsvin er tilbage for at tage på flere eventyr i SONIC THE HEDGEHOG 2. Efter at have slået sig ned i Green Hills er Sonic ivrig efter at bevise, at han har, hvad der skal til, for at blive en sand helt. Han kommer på prøve, da dr. Robotnik vender tilbage med en ny partner, Knuckles, for at finde en smaragd, der er kraftfuld nok til at ødelægge civilisationer. Sonic slår sig sammen med sit eget sidekick, Tails, og sammen tager de på jordomrejse for at finde smaragden, før den ender i de forkerte hænder.