När Justice League försvinner och skurkar tar över Metropolis finns det bara ett team som kan lösa mysteriet: Scooby-Doo och gänget! Men vänta, det finns en ny hund i stan: Krypto, Supermans superhund med superkrafter. Mysteriegänget kommer behöva all hjälp de kan få när spöken hotar Justice Leagues högkvarter. Och har Lex Luthor äntligen blivit hederlig? Eller är han i maskopi med Jokern och Harley Quinn? DC:s superskurkar må ha drabbat samman med Superman tidigare, men nu möter de något nytt: ett gäng snokande ungar!