Quando a Liga da Justiça desaparece e os vilões invadem Metrópolis, existe apenas uma equipe que pode desvendar esse mistério: Scooby-Doo e sua turma! Mas espere, tem um cachorro novo na cidade: Krypto, o Supercão do Superman que também tem superpoderes. A Mistério S/A precisará de toda a ajuda possível quando fantasmas começam a ameaçar a sede da Liga da Justiça. E será que Lex Luthor finalmente se endireitou? Ou será que está planejando algo com o Coringa e a Arlequina? Os supervilões da DC podem ter enfrentado o Superman antes, mas agora estão prestes a encarar algo novo: uma gangue de jovens intrometidos!