Det är tidigt 1600-tala i feodala Japan, och en hästburen man blir i sin kamp mot en grupp samurajer tillfångatagen. Knappa 400 år senare kommer reportern April O’Neil hem från en loppmarknad med presenter till sina sköldpaddskompisar, mest triviala ting – men mentorn Splinter får en gammal japansk spira. Spiran ska visa sig ha magiska krafter, och plötsligt finner sig våra hjältar i samurajernas Japan där de hamnar mitt i ett krig mellan rivaliserande länsherrar.