Le méchant oncle de Thor, Loki, s'est échappé d'Asgard pour rechercher Yggdrasil, l'Arbre des Neuf Royaumes. L'arbre, caché sur Terre, détient le pouvoir de l'Univers. Loki prévoit de le détruire et de le replanter à son image, lui donnant un pouvoir total. Thor doit donc mener une bataille afin de maintenir l'équilibre des deux mondes.