Zwei irrwitzig beliebte Labormäuse wollen die Weltherrschaft übernehmen und gehen dabei auf sehr intelligent-alberne Weise zu Werke. In der großen Tradition des für Warner Bros. typischen, ebenso raffinierten wie respektlosen Humors schmieden das begabte Genie Brain und der absolut nicht geniale Pinky unermüdlich neue Komplotte, um sich die Erde untertan zu machen - ständig hecken sie wissenschaftlich komplizierte, abenteuerliche, gewaltlose und oft einfach nur lächerliche Pläne aus. Weil sie immer wieder aus dem ACME-Labor ausbrechen, wird deutlich, dass sie sich nie von ihrem Ziel abbringen lassen werden. In der ersten Staffel tauchen Pinky und der Brain ins Meer, um die entscheidende Zutat zu einem hypnotisierenden Pfannkuchenteig zu finden, ändern die Inschrift auf einer Raumsonde, um sich selbst als dominante Spezies auszuweisen, und planen die Überflutung der Erde, wobei nur Pinkys Grundstücke über der Wasserlinie übrig bleiben sollen. Doch damit fangen die Abenteuer erst an...