Ti år etter invasjonen av Naboo, er galaksen på randen av borgerkrig. Under ledelse av en forrædersk Jedi kalt Grev Dooku, truer tusenvis av solsystem med å bryte ut av Den galaktiske republikk. Når det blir utført et mordforsøk på Senator Padmé Amidala, den tidligere dronningen av Naboo, blir den tjue år gamle Jedilærlingen Anakin Skywalker satt til å beskytte henne. Underveis oppdager Anakin sin kjærlighet for Padmé, i tillegg til sin mørke side. Snart blir Anakin, Padmé og Obi-Wan Kenobi dratt inn i hjertet av separatistbevegelsen og begynnelsen på klonekrigen.