Alcatraz ockuperas av elitsoldater ledda av Överse Hummel. Med turister som gisslan riktar de raketer laddade med biologiska stridsmedel mot San Francisco. Mannen som kan rädda stadens invånare från en säker död är John Patrick Mason - den ende fånge som någonsin flytt från Alcatraz och överlevt. Mason måste leda polisen samma väg in i fängelset som han en gång tog sig ut.