Filmen begynner der hvor første Resident Evil sluttet. Et dødelig virus er løs i Raccoon City og organisasjonen Umbrella sender et team dit for å få ut overlevende og forhindre spredning av viruset. Alice er en av de to som overlevde den biokjemiske katastrofen. Alice er blitt utsatt for biogenetiske eksperiment og hennes genetikk er endret. Hun har fått overnaturlig styrke og sansene hennes er skjerpet, noe hun vil få bruk for dersom noen skal komme levende derifra?