To år etter at Ethan Hunt fanget Solomon Lane, har restene av syndikatet dannet en ny organisasjon som heter Apostlene. Under ledelsen av den mystiske John Lark planlegger organisasjonen å komme over plutonium for å bygge atomvåpen. Nå er det opp til Ethan Hunt og teamet hans å stoppe dem, og forhindre en katastrofe.