Yhtäkkiä, kesken rauhallisen päivän Tokionlahdella tapahtuu onnettomuus, kun outo vesisuihkulähde purkautuu. Onnettomuus synnyttää paniikkia ja hallitus kokoontuu hätäistuntoon. Tuhon aiheuttajaksi epäillään aktiivista tulivuorta, kunnes yksi virkamiehistä uskaltaa epäillä syyksi jotain muuta – jotain elävää. Hänen pahimmat painajaisensa käyvät toteen, kun lahden syvyyksistä nousee jättiläismäinen hirviö, Godzilla.