Yu-Gi-Oh! GX

Ein neues Schuljahr bricht für Jaden und seine Freunde an. Dabei erinnert sich Jaden an seine bisherigen Duelle zurück. Chazz kehrt in seine alte Unterkunft Slifer Red zurück. Auch für Blair beginnt ihr erstes Jahr an der Duellakademie. Währenddessen steckt Kanzler Sheppard seine ganzen Bemühungen darin, Professor Thelonius Viper in die Akademie zu holen.

Auf die Studenten der Duellakademie kommen im neuen Schuljahr viele Veränderungen zu. Neben vier Austauschstudenten, ist auch der mysteriöse und strenge Professor Thelonius Viper neu an der Akademie. Dieser bestimmt die Kontrahenten eines ersten Showduells. Der Gegner von Jaden ist der neue Austauschstudent der Nordakademie Jesse Andersen.

Jadens Kontrahent im Showduell ist der Austauschstudent Jesse Andersen mit seinen Kristallungeheuern. Um einen legendären Drachen hervorzurufen, spielt Jesse seine sieben Kristallungeheuer.

Um seinen Freund Syrus zu retten, stellt sich Jaden einem Duell mit dem neuen Austauschstudent Alex Brodie. Alex wurde von Professor Viper zu diesem Duell angestiftet. Professor Vipers Ziel dahinter ist, Jaden mithilfe seines Biobandes Energie abzuziehen.

Das Duell zwischen Axel und Jaden geht weiter. Axel setzt alles daran Jaden zu besiegen und übergeht somit den Anweisungen von Professor Viper.

In Hassleberry, dessen Bein aus Dinosaurierknochen besteht, gewinnt die Dino-DNS die Oberhand. Auch bei Shirley, Jims Krokodil, stimmt etwas nicht. Das Krokodil wird auf einmal aggressiv. Und als wäre das noch nicht genug, duellieren sich Jim und Hassleberry auch noch.

Mithilfe seines Biobandes, kann Viper die Duellenergie eines Schülers absorbieren. Um Adrian ein für alle Mal aus dem Weg zu räumen, stellt Viper sein Bioband auf das höchste Level ein. Dem Austauschschüler gelingt es, die Pläne von Viper zu durchkreuzen, wird derweil aber von Chazz zu einem Duell herausgefordert.

Erschöpfung macht sich unter den Studenten, welche ein Duell bestritten haben, breit. Auch Adrian ist nach dem Sieg gegen Chazz völlig erschöpft. Völlig unerwartet verlässt Kanzler Sheppard auch noch die Duellakademie.

Alexis, Hassleberry, Jaden, Jim und Syrus versuchen in das Testlabor von Viper einzudringen. Der hinterlistige Viper beobachtet währenddessen die Freunde und es gelingt ihm Alexis in eine Falle zu locken. Jaden sieht sich vor einer anderen Herausforderung stehen. Denn plötzlich taucht sein alter Lehrer Professor Stein auf und fordert ihn zu einem Duell heraus.

Alexis, Hassleberry, Jaden, Jim und Syrus versuchen in das Testlabor von Viper einzudringen. Der hinterlistige Viper beobachtet währenddessen die Freunde und es gelingt ihm Alexis in eine Falle zu locken. Jaden sieht sich vor einer anderen Herausforderung stehen. Denn plötzlich taucht sein alter Lehrer Professor Stein auf und fordert ihn zu einem Duell heraus.

Jesse wird von dem Fallensteller Trapper, der sich auf Duellgeister spezialisiert hat, zu einem Duell herausgefordert. Trappers eigentliches Ziel besteht darin, die Kristallungeheuer zu schnappen und den legendären Regenbogendrachen zu rufen.

Das Duell zwischen Jesse und dem Jäger Trapper geht weiter. Dabei versucht Trapper das Duell mit unfairen Mitteln zu gewinnen. Unterstützung erhält Jesse durch seinen Freund Jaden. Unterdessen plant Viper ein Duell gegen Jaden, um weitere Duellenergie zu sammeln.

Viper versucht seine angesammelte Duellenergie zu maximieren. Hierfür duelliert er sich zunächst gegen Adrian. Doch um genug Energie, zur Erweckung eines neuen Körpers zu erhalten, braucht Viper noch die Energie von Jaden.

Während dem Duell zwischen Jaden und Professor Viper, wird Vipers eigentliches Ziel offenbart. Dieser will mit der gesammelten Energie seinem Sohn Rick einen neuen Körper verschaffen. Falls Viper gewinnt und somit genug Energie gesammelt hat, kann er seinen Sohn zurückholen. Das Erreichen des Ziels steht unter einem guten Stern, denn Viper besitzt im Duell gegen Jaden die besseren Karten.

Viper gewinnt in Duell gegen Jaden zunehmend die Oberhand. Nachdem Viper die Karte Vennominaga, die Gottheit der giftigen Schlangen gezogen hat, bleiben Jaden nur noch drei Runden bis zum totalen Verlust seiner Lebenspunkte.

Jaden und seine Freunde finden sich in einer anderen Welt wieder. Diese von Wüstenlandschaften geprägte Welt wird von real gewordenen Duellmonstern regiert. Zusätzlich taucht der lang verschollene Duellant Bastion auf. Dieser berichtet von den Forschungen mit Professor Einstein.

Jaden, Jim, Jesse, Axel und Adrian machen sich auf den Weg Medikamente für Blair und Verpflegung für die Gruppe zu suchen. Nach den Berichten von Bastion, könnten sich diese in einem U-Boot in der Wüste befinden. Auf dem Weg zum U-Boot müssen die Freunde einige Abenteuer überstehen.

Nachdem Jaden, Jim, Jesse, Axel und Adrian Medikamente in einem U-Boot gefunden haben, gelangen sie zurück an die Akademie. Zunächst stellen sie fest, dass an der Akademie kein Student vor zu finden ist. Erst nach einiger Zeit treffen sie auf einige Mitstudenten, u.a. auf Chazz und Syrus. Diese verhalten sich äußerst seltsam und fordern Jaden zu einem Duell heraus.

Noch immer verhalten sich die Mitschüler von Jaden und seinen Freunden seltsam. Jaden und Jesse versuchen den Erste-Hilfe-Koffer zu Blair in die Krankenstation zu bringen. Doch auf dem Weg dorthin, werden sie durch ihre spielverrückten Mitschüler aufgehalten.

Aufgrund der Knappheit von Lebensmittel an der Akademie, wollen sich drei der Studenten heimlich zu den Vorräten auf machen. Sie treffen auf Marcel, der ein eigenartiges Verhalten an den Tag legt. Als Gegenleistung für Nahrung, fordert er, dass sich die Studenten mit Jaden und den restlichen Freunden duellieren.

Die Duelle zwischen Jaden, Jesse, Jim und ihren Herausforderern gehen weiter. Nachdem Jaden seinen Gegner besiegt hat, stößt er mit Bonaparte in der Wüste auf Marcel. Daraufhin wird die Geschichte von Marcel offenbart. Durch einen Tipp eines Geistes, verstehen die Freunde in der sie sich befinden besser.

Um zu verhindern, dass Marcel die drei Heiligen Ungeheuer an sich reißt, stellt sich Jaden einem Duell. Währenddessen gelingt es Bastion Kontakt zu Professor Einstein aufzunehmen.

Echos Versuch, Pegasus davon abzuhalten die Steintafel zu bekommen, misslingt. Währenddessen wird Jaden von Syrus zu einem Duell herausgefordert. Derweil befreit Marcel die drei Heiligen Ungeheuer. Auch Jesse muss sich einem Duell stellen.

Das Duell zwischen Jesse und Zane geht weiter. In Folge eines gewaltigen Zuges von Jesse, ist genug Energie für das Portal gesammelt. Professor Einstein schickt daraufhin eine Karte in die andere Welt. Zeitgleich fordert Marcel Jaden zu einem Duell heraus.

Axel und Jesse suchen nach der Regenbogendrachenkarte. Nachdem sie diese gefunden haben, können sie Jaden im Duell gegen Marcel unterstützen. Aber auch Marcel bekommt daraufhin mehr Lebenspunkte.