På uppdrag för att rädda sin värld är SpongeBob SquarePants på väg mot vår värld för första gången någonsin! När piraten Burger Beard (Antonio Banderas) stjäl det hemliga receptet på hans älskade Krabby Patties, går SpongeBob och hans vänner i land för att ta tillbaka den förlorade formeln. För att lyckas måste de förena sig med sin tidigare rival Plankton, men de inser snart att för att besegra en superskurk måste de släppa loss superhjältarna inombords.