Mary Queen of Scots skildrar Maria Stuarts turbulenta liv. Hon blir Frankrikes drottning vid 16 års ålder men när hon som 18-åring blir änka, återvänder hon till Skottland för att återta sin rättmätiga tron. Genom födslorätt kan hon också göra anspråk på Englands tron, där drottning Elizabeth I regerar. De båda drottningarna rivaliserar både om makt och kärlek och väljer helt olika vägar. De drivs isär av förräderi, uppror och konspirationer och båda kvinnorna får betala ett högt pris för sin kamp om makten.