Huset med den mystiska klockan berättar den magiska historien om tioårige Lewis som flyttar hem till sin morbror som bor i ett gammalt knarrande hus med ett mystiskt tickande hjärta. Men Lewis nya hemstads sömniga fasad vaknar plötsligt upp när Lewis råkar väcka liv i de döda och en hemlig värld med trollkarlar och häxor uppenbaras.