Franklyn är ett äventyr som utspelar sig i två parallella världar - i dagens London och i Meanwhile City, en futuristisk fantasimetropol som styrs med järnhand av religiösa fanatiker. Här letar den maskerade detektiven Preest (Ryan Philippe) efter sin ärkerival. I London letar den skuldtyngde Esser efter sin son bland de hemlösa. Den unge Milo är på desperat jakt efter den rena kärleken. Och Emilia (Eva Green) är en vacker konststudent som skapar mycket udda konstverk. Allting pågår parallellt i London och Meanwhile City men snart ska de två världarna mötas i ett enda gevärsskott som kommer at vara avgörande för alla deras öden.