De spannende en angstaanjagende reis van de Winchester broers gaat verder met het zesde seizoen. Sam (Jared Padalecki) en Dean (Jensen Ackles) brengen hun leven door op de weg en vechten tegen allerlei bovennatuurlijke dreigingen. Na tientallen bloedige avonturen komen ze steeds dichterbij hun duistere lot. Sam en Dean blijken belangrijke deelnemers te zijn aan de Apocalyps. Samen met de hulp van vaderfiguur Bobby en gevallen engel Castiel, slagen ze erin het einde van de wereld af te wenden. Maar tegen een hoge prijs. Sam offert zichzelf op en wordt opgesloten in de vurige kuil waarin ook Lucifer gevangen zat. Dean, alleen en met een gebroken hart, is gedwongen om de stukjes van zijn leven weer op te pakken. Een jaar later is Sam ineens terug, nadat hij op mysterieuze wijze uit zijn cel is ontsnapt. Sam heeft zijn broer nodig om samen met hem te vechten tegen nieuwe dreigingen uit de donkere hoeken en gaten van Amerika.