Na duizend jaar, is Apocalypse, ’s werelds eerste en sterkste mutant ter wereld, ontwaakt en ziet hij dat de wereld wordt geleid door mensen. Hij wil de aarde zuiveren van de mensheid en rekruteert een groep mutanten om een nieuwe wereldorde te creëren. In een wanhopige race om de mensheid te redden, leidt Professor X de jonge X-men in een epische confrontatie tegen een onstuitbare vijand, die het lot van de wereld zal bepalen.