In deze epische eindfase van de Maze Runner-sage leidt Thomas zijn groep ontsnapte Laarders tijdens hun laatste missie. Om zijn vrienden te redden, moeten ze inbreken in de legendarische Laatste Stad, een labyrint onder controle van WCKD dat het meest dodelijke labyrint ooit blijkt te zijn. Iedereen die er levend uit komt, krijgt antwoorden op de vragen die de Laarders zich al vanaf hun komst in het labyrint stellen.