Unge Bruno lever godt i mellomkrigstidens Tyskland sammen med sin mor, storesøster og faren som er SS-kommandant. Familien flytter til landsbygda der faren skal lede en fangeleir. Noen dager etter at de ankommer blir Bruno venn med en annen gutt, Shmuel, som har på seg en stripete pyjamas og bor bak et elektrisk gjerde. Bruno skjønner snart at han ikke har lov til å bli venn med Shmuel som er jøde, og at naboleiren faktisk er en fangeleir der jødene sendes for å bli utryddet.