Skjult i en hemmelig høyborg på toppen av fjellet finner du Skyggenes Liga og deres fryktløse leder, Ra’s al Ghul. Sammen med sin like farlige datter, Talia, styrer han en veltrent hær av snikmordere med planer om verdensherredømme. Men et opprør innad i ligaen truer nå med å endre maktbalansen og sender Talia og hennes unge sønn, Damian, på flukt til Gotham City. Med snikmordere i hælene, ber Talia Batman om beskyttelse, som er uvitende om at han er guttens far. Med sønnen sin på slep, erklærer Batman krig mot kjeltringen Deathstroke og Skyggenes Liga, samtidig som han lærer den sta gutten at man ikke kan bekjempe kriminalitet ved å bli en kriminell. Med hjelp fra Gothams politi, deriblant politidirektør Gordon og Nightwing, vil Batman snart oppdage at sønnen hans og hans mest pålitelige allierte er én og samme person!