Napoleon Dynamite er en ny type helt, med rødt, krusete hår, månestøvler og uslåelige evner. Napoleon bruker dagene på å tegne fantasimonstre, gå i tottene på broren Kip og unngå sin sleipe onkel Rico. Etterhvert skaffer han seg to nye venner – sjenerte Deb og bartegutten Pedro – og trioen starter en kampanje for at Pedro skal bli valgt som elevrådsformann og få elevrådets villeste drømmer til å gå i oppfyllelse. Men hvis Pedro skal slå overlegne Summer, må Napoleon ta i bruk sitt hemmelige våpen ...