Matilda (Mara Wilson) er en merkverdig jente, et svært intelligent barn. Dessverre er hennes forsømmende og dumme foreldre, Harry og Zinnia Wormwood (Danny DeVito og Rhea Perlman) for opphengte i sine egne små liv til å bry seg, eller til å legge merke til datterens spirende genialitet. Når Wormwoodene endelig lar Matilda få oppfylt ønsket sitt om å gå på skolen, sender ed henne til Crunchem Hall, et trist mursteinsfengsel hvor elevene bøyer seg for rektor Agatha Trunchbull (Pam Ferris). I Crunchems mørke finner Matilda et enslig lys i den godhjertede Miss Honey (Embeth Davidtz), førsteklasselæreren som oppdager jentas utrolige evner-inkludert et svært spesielt talent som lar den muntre Matilda snu ting mot de onde voksne i verdenen.