Vi følger den heltmodige kampen til det kryptozoologiske byrået Monarch når gigantiske monstre våkner til liv. Den mektige Godzilla har noe uoppgjort med Mothra og Rodan og akter å ta et endelig oppgjør med erkefienden, den trehodede kong Ghidorah. Når disse urgamle superartene – som man trodde bare var myter – kjemper om herredømme, henger menneskehetens overlevelse i en tynn tråd.