Det er 1964 ved St. Nicholas-skolen i Bronx. Fader Flynn er en karismatisk prest som prøver å snu opp-ned på skolens strenge regelverk som i mange år har vært voktet av søster Aloysius Beauvier, rektoren med jernhansker som tror på kraften i frykt og disiplin. Men nå blåser de politiske endringene gjennom samfunnet, og uten et fnugg av bevis utover sin moralske overbevisning må søster Aloysius innlede en kamp mot fader Flynn som truer med å rive i stykker alt hun tror på.