Filmens handling er lagt til Vietnamkrigen en gang etter midten av 1960-tallet. Kaptein Willard får i oppdrag å oppspore og drepe oberst Kurtz, som har desertert fra den amerikanske hæren og slått seg ned i dypt inne i jungelen i Kambodsja, hvor han har etablert seg som en slags «høvding» for en gruppe jungelfolk. Med dette som utgangspunkt, deltar Kurtz i krigen på egne premisser, på tvers av offisiell amerikansk politikk, og hans virksomhet er etter hvert blitt pinlig for amerikanske myndigheter, blant annet, får vi vite, fordi hans metoder er «usunne».