ユニバーサル･スタジオとイルミネーション・エンターテインメントが贈る、ミニオン誕生の物語。黄色い単細胞生物として生まれたミニオンたちは何世紀もかけて進化し、絶えず最強最悪のボスに仕えてきた。ティラノサウルスやナポレオンが主人になるものの失敗続きで、ついには仕えるべきボスがいなくなり意気消沈。そこでミニオンの一人ケビンがある計画を思いつく。ミニオンたちの新たな悪党のボスを探すため、ケビンはやんちゃなスチュアートと小さくかわいらしいボブと一緒に世界に飛び立つ。スリル満点の旅を続ける彼らは、ついに次のボス候補、史上最悪の女悪党スカーレット･オーバーキル（アカデミー賞受賞女優サンドラ･ブロック）に出会う。彼らは極寒の南極から1960年代のニューヨークに降り立ち、そこからさらにロンドンへと飛ぶ。そこで彼らはミニオン絶滅の危機に立ち向かうべく、史上最大の任務に挑むことになる。