盗まれたプルトニウムを奪回するという危険な任務の最中、イーサン･ハント（トム･クルーズ）はチームを救うことを選ぶ。その結果、文明を滅ぼそうとする高度な技術を持った危険な組織の手に核兵器が渡ってしまう。世界が危機にさらされる中、核の影響を食い止めるため、イーサンとＩＭＦチーム（サイモン･ペッグ、ヴィング･レイムス、レベッカ･ファーガソン）はＣＩＡのタフなエージェント（ヘンリー･カヴィル）と手を組まざるを得なくなる。これほどまでに破壊的な脅威はなく、目を見張るスタントが不可能な任務で繰り広げられる！