『アリス・イン・ワンダーランド』のティム・バートン監督が誘う新しいワンダーランド！時を超えた驚くべき冒険が待ち受けるファンタジー・アドベンチャー！フロリダで生まれ育ったジェイクは、周囲になじめない孤独な少年。そんな彼の唯一の理解者である祖父が謎めいた死を遂げた。祖父の遺言に従って小さな島を訪れたジェイクは、森の奥で古めかしい屋敷を発見。そこには美しくも厳格なミス・ペレグリンと奇妙なこどもたちが住んでいた。やがて彼らと心を通わせ、夢のような時間を過ごしたジェイクは、自らに宿ったある“力” に気づき、屋敷に迫る恐るべき脅威に立ち向かっていくのだった…。