大冒険がはじまる！　大都会ニューヨークはセントラルパーク動物園の人気者、ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、キリンのメルマン、カバのグロリアは仲良し4頭組。ある日、大自然にあこがれていたマーティはペンギンズの計画にのって動物園から大脱走！　逃げ出したマーティを残りの3頭が追いかけたはいいけれど、ニューヨークのど真ん中で4頭とも人間に捕まって船で連れ去られてしまう。しかし、船から落ちてたどりついた先は……なんと、アフリカのマダガスカル島!!　エアコン、ごちそう、エステにサプリメントが大好きな都会生まれの4頭は、自然の中では生きられない！　どうやったらこの島から脱出できるのか？　弱肉強食の自然界で見つけた一番大切なものとは!?