愛する女性マリーを殺され、未だ記憶も戻らぬままに孤独な闘いを続けていたジェイソン・ボーン。英国の大手新聞ガーディアンの記者ロスは、CIAの極秘計画である“トレッドストーン”の進化系“ブラックブライアー”の手がかりを追っていた。CIAの内部告発も絡むこの記事を追い、ボーンはロスの前に姿を現すがロスは公衆の面前で射殺されてしまう！CIA内部調査局長・ランディは、局内での不穏な動きを感じ、ボーンと接触を試みる。さらにボーン殺害を狙うヒットマンは世界中で彼を待ち構えていた動き始めた巨大な闇、ボーンの闘いはさらに激しさを増す！！