大ヒット映画『怪盗グルー』シリーズから飛び出し、今や映画を観たことのない人までもその存在を知る、世界的な人気キャラクターとなった“ミニオン”たち。そんな彼らの生みの親、ユニバーサル・スタジオ／イルミネーションが、またとんでもなく愛すべき作品『ペット』を生みだした。テーマはズバリ、誰もが想像したことのある“飼い主がいない時のペットたち”。飼い主たちが留守の間、彼らは一体どんな風に、何をして過ごしているのか!?飼い主を待ちわびる姿にホロッとしたり、かと思えば留守をよいことに、あんなことやこんなことをしている姿に大爆笑！好奇心を刺激してやまないペットたちの様子、アッと驚く秘密の世界を覗いちゃう!? テリア系雑種犬のマックスは、ＮＹのマンハッタンで飼い主のケイティに愛され、とってもハッピーに暮らしていた。外出するケイティを送りだした後は同じアパートのペットたちや、お隣のギジェットと過ごし、熱烈にケイティの帰りを待ちわびる日々を送っている。ところがある日、ケイティが新たな里親となって、ずんぐりむっくりの大きな犬デュークを連れて帰ってくる。マックスは必死に猛反対するが、「兄弟だと思って、よろしく！」と言い渡され、渋々デュークと同居することに。だがデュークはマックスのお気に入りのフカフカベッドを占拠したり、ご飯を横取りしたりと、やりたい放題！マックスはそんなデュークを追い出すべく策を練る。数日後、散歩代行人がアパート中のペットを連れて公園に出かけた際、デュークのいたずらで見知らぬ路地裏に置いてきぼりにされそうになるマックス。そして野良猫集団に襲われそうになった瞬間、保健所の職員に見つかり、デュークと共にあっさり捕えられてしまう。何とか逃げ出そうとしていた２匹の前に突如現れたのは、地下水道に住んでいるウサギのスノーボールとその仲間たちだった。「オレたちは人間たちに飼いならされたりしない！革命を！」と叫ぶスノーボールたちに同調し、彼らのアジトである地下水道に連れて行かれるマックスたち。かつて人間に飼われていたスノーボールは、今では自分たちを捨てた人間に復讐しようと、地下水道でひっそりと人間に捨てられたペットの集団を作り上げていた。ところがマックスとデュークが人間に飼われているペットである事が分かると、２匹に敵意を見せ襲い掛かるスノーボール。決死の覚悟で地下水道から川に飛び込んだマックスとデュークは、助け合ってなんとか連絡船に泳いで乗り込むが、行く先はマンハッタンと真逆の方角だった…。その頃、マックスに密かに想いを寄せるギジェットは、マックスの失踪にいち早く気づき、クロエやほかのペット仲間を引き連れて捜索を開始する。小屋に捕えられていたタカのタイベリアスを解放することと引き換えに、マックスの捜査に協力させることに成功したギジェットは、ＮＹのことを知り尽くしているバセットハウンドの老犬ポップスの知恵を借り、モルモットのノーマンらを連れ、マックスたちの痕跡に迫っていく。たくさんのペットを巻き込む冒険の最中、マックスとデュークは少しずつ打ち解け、デュークは処分間際にケイティに保健所から救い出されたこと、その昔、優しいお爺さんに飼われていたことなど、身の上話を語って聞かせる。 ２匹を追う保健所職員や、スノーボール率いる元ペット集団らに追われながら、果たしてマックスとデュークは無事にケイティの元に帰り着くことができるのか―？