サイバトロンが陥落。プライムがバンブルビーを地球へ送り、彼のヒーローへの道のりが始まる。この世で自分の居場所を模索していたティーンエイジャーのチャーリー･ワトソン（ヘイリー･スタインフェルド）は、戦いでボロボロになり、フォルクスワーゲンビートルに変装していたロボットを発見し、修理する。一方、バーンズ（ジョン･シナ）率いる秘密組織の助けを借り、生き残ったオートボットを捜すディセプティコン。バンブルビーとチャーリーは手を組み、世界を救うべく、アクション満載のアドベンチャー劇を繰り広げる。