ハリー・ポッターの夏休みは、決して楽しいものではなかった。横暴な叔母ペチュニアと叔父バーノンは、ハリーの持つ不思議な力に恐れをなし、ますます容赦ない仕打ちをしてくる。さらには、親友だったはずのロンとハーマイオニーにも何度手紙を書いても何の返事もないのだった。ある日、ハリーの寝室に屋敷しもべ妖精のドビーが現れ、こう警告する--ハリー・ポッターはホグワーツに戻ってはなりません。しかし、本当の家はホグワーツ学校であると信じている彼にとっては、ドビーの必死の努力もむなしいものであった。そこへロンとロンの兄達が空飛ぶ車でハリーを救い出し、温かいウィーズリー家へに迎えられた。しかし、ハリーとロンが9と3/4番線からホグワーツ特急に乗って学校へ向かおうとすると、どういうわけか行く手を阻まれてしまう。そこで二人は例の空飛ぶ車、フォード・アングリアで学校へ向かうのだが・・・。そんなある日、ホグワーツのどこかにあるとされてきた｢秘密の部屋｣が開かれたという血文字が現れる。次々と起こる謎にハリーに疑いの目が向けられる。ハリー、ロン、ハーマイオニーの3人は再び忍び寄る魔の手と対決することを決意する・・・！