ベルリンでのアベンジャーズの戦いに参加し、大興奮していたスパイダーマン＝ピーター・パーカー(トム・ホランド)。昼間は普通の高校生としてスクールライフをエンジョイし、放課後は憧れのアイアンマン=トニー・スターク(ロバート・ダウニー・Jr)から貰った特製スーツに身を包み、NYの街を救うべくパトロールの日々。ある日、スタークに恨みを抱く“バルチャー”（マイケル・キートン）が、巨大な翼を装着しNYを危機に陥れる。アベンジャーズに任せておけというスタークの忠告も聞かず、ピーターは一人戦いに挑むが・・・。