ジェイソン・ボーン（マット・デイモン）が消息を絶ってから何年もの歳月が経過したある日、元同僚であるニッキー（ジュリア・スタイルズ）はボーンを見つけ、彼にある真実を告げる。それはＣＩＡが世界中の情報を監視し、技術開発やテロ活動までをも裏で操作する事を目的とした、恐ろしい極秘プログラムが始動したというものだった。ボーンは再び姿を現すこととなり、追跡を任されたＣＩＡエージェントのリー（アリシア・ヴィキャンデル）は、彼が最も求めているものを提供すれば、再びＣＩＡ側に取り込めるのではないかと考え始める。しかし“史上最も危険な兵器”であるボーンは、追跡者が想像すらできない、ある目的を持って動いていた…。