ヨーロッパに危機勃発！各地で連続爆破事件が発生！謎を追う名探偵シャーロック・ホームズも、あわや爆発に巻き込まれそうになる。だが、天才ホームズには分かっていた。インド、中国、アメリカ、ヨーロッパと、このところ世界中で発生している未解決の重大事件は、すべて繋がっているのだ。その黒幕こそが、ジェームズ・モリアーティ教授、知能・腕力ともにホームズと全く互角の“もう一人の天才”なのだ！高名な数学者にして温和な人格者であるこの男、その正体は良心のかけらもない“犯罪界のナポレオン”。誰も思いつけない手口で歴史を操作し、自らの手を汚さずに民衆の命を奪い、絶大な富と権力を手に入れようとしていた。そんな悪の天才を止められるのは、ホームズしかいない！反撃に出たモリアーティは、ホームズとワトソンを抹殺すべく、ヨーロッパ中に巧妙な罠を張り巡らせる。ロンドン、フランス、ドイツ──史上最強の名コンビは、次々と襲いかかる危機を乗り越え、ついに決戦の地スイスへ！大滝で繰り広げられる宿命のライバルとの軍配は、どちらの“天才”に上がるのか──？