世界中の犯罪者たちと裏取引をし、犯罪コンシェルジュと呼ばれる最重要指名手配犯レイモンド・“レッド”・レディントン。彼はFBI捜査官エリザベス・“リズ”・キーンを指名し、自分の持つ“ブラックリスト”からの情報提供を申し出る。レディントンはエリザベスの過去を知る人物で、彼女を指名したのにはある理由があるようだ。やがて2人は各国政府の要人と大企業幹部で構成される裏組織“結社”の陰謀を暴くことに成功。“結社”の存在を明かす情報ファイル“フルクラム”はエリザベスが子どもの時に持っていたぬいぐるみの中に隠されていたのだ。そんな中、エリザベスはトムとの子を身ごもり、娘アグネスを出産。娘を危険な世界から守ろうと、ミスター・キャプランの助けを借りて自分の死を偽装、レディントンからの逃走をはかる。しかし、エリザベス母娘は、父親だと名乗るアレグザンダー・カークにより誘拐されてしまう。レディントンはエリザベスを取り戻すべく、キューバへ向かうのだが……。