Zoinks! Due anni dopo il conflitto di personalità che costrinse la Mystery Inc. a chiudere i battenti, Scooby-Doo e i suoi infallibili compagni investigatori Fred (FREDDIE PRINZE JR.), Daphne (SARAH MICHELLE GELLAR), Shaggy (MATTHEW LILLARD) e Velma (LINDA CARDELLINI) vengono convocati a Spooky Island per indagare su una serie di fenomeni di carattere paranormale presso l'ultramoderno ritrovo di grido Spring Break. Preoccupato che questa località così spaventosamente famosa possa essere realmente abitata dai fantasmi, il proprietario di Spooky Island, Emile Mondavarious (ROWAN ATKINSON), cerca di riunire i famosi detective per risolvere il mistero, prima che il suo segreto metta in fuga la gente. Scooby-Doo e la gang dovranno superare le proprie divergenze personali e dimenticare tutto quello che sanno su finti mostri e false creature soprannaturali per risolvere il caso, salvare la pelle e possibilmente... il destino del mondo!