Tommy Lee Jones e Will Smith tornano a vestirsi di nero nei panni dei super-agenti Kay e Jay, impegnati a combattere gli alieni sul pianeta terra. La loro ultima missione: salvare il mondo da un disastro intergalattico totale! Quando un perfido mostro Kylotiano camuffato da modella di lingerie minaccia la sopravvivenza del genere umano, i MIB vengono chiamati in causa e non si tirano indietro. Il loro quartier generale è sotto assedio e il tempo stringe, ma gli agenti Kay e Jay, aiutati da Frank the Pug e da una banda di vermi dalla vita dura, daranno un bel filo da torcere alla sexy aliena!