Il dott. Ira Kane (David Duchovny) è un ex scienziato del governo in disgrazia bandito in un piccolo college dell'Arizona, amico stretto di un professore di geologia, Harry Block (Orlando Jones). Viene chiamato a investigare su un sito su cui è precipitato un meteorite dal giovane Wayne (Seann William Scott), sventurato aspirante vigile del fuoco. Il dott. Kane è il primo a scoprire che il meteorite trasportava degli alieni e a capire il significato del loro rapido sviluppo. È impossibile tenere nascosta una scoperta simile e il governo, nella persona della splendida ma fredda epidemiologa Allison (Julianne Moore), cerca di subentrare. Il destino della Terra è a rischio, mentre si cerca di controllare un'esplosione di alieni imprevedibile e senza precedenti.