Après les choquantes révélations de la première saison, "12 Monkeys" revient pour une deuxième saison où Cole, le voyageur dans le temps, continue son périple à travers les décennies pour empêcher une épidémie mortelle d’éradiquer l’humanité toute entière. A cause d’un paradoxe inattendu, Cole se retrouve dans l’incapacité de revoyager dans le temps. Parallèlement, Jennifer s’avère sur le point de relâcher le virus mortel. Dans cette hallucinante course contre la montre, chacune de leurs actions risque de changer le cours de l’histoire.