Après la destruction terroriste d'un immeuble fédéral à Dallas, les agents du FBI, Fox Mulder et Dana Scully découvrent les indices d'un complot mondial. Avec l'aide ambigüe d'un professeur paranoïaque, ils vont risquer leur vie pour traquer ce virus mortel dont l'origine pourrait être extraterrestre. Confrontés à un puissant Syndicat prêt à tout pour protéger ses secrets, Mulder et Scully poursuivront leur enquête du départ du Texas jusqu'aux glaciers de l'Antarctique qui abritent, peut être le plus terrible des secrets.