Depuis quelques dizaines de millions d'années, les dinosaures, que l'ont croyait disparus vivent paisiblement sous terre. Un infâme tyran, Koopa n'a de cesse de chercher à s'emparer du pendentif magique de la fille du roi qui lui permettra d'asservir le genre humain. Heureusement, Daisy la princesse a deux défenseurs aussi généreux qu'intrépides : les Super Mario Bros.