Une unité militaire d'élite (SG-1) doit à nouveau retourner vers la Terre lorsque deux des membres de l'équipage disparaissent inexplicablement. Ils se retrouvent alors dans un monde où la Porte des Etoiles, une ancienne machine leur permettant de voyager vers des centaines de planètes, n'a encore jamais été découverte, et leur histoire a été effacée. Ils doivent maintenant convaincre un étrange gouvernement militaire que le cours du temps a été altéré par un puissant extraterrestre ennemi (Ba'al) dans le but de conquérir la Terre, mais le temps ne joue pas en leur faveur.