L’U.S.S. ENTERPRISETM, toujours dirigé par le Commandant Kirk, explore la planète Vulcain à la recherche de Spock, disparu. De leurs côtés, le lieutenant Saavik et le docteur Marcus commencent l’exploration de la planète Genesis, désormais interdite mais détenant le secret du renouveau de la vie. Tous sont menacés par le sinistre seigneur de la guerre Kruge (Christopher LLOYD), prêt à tout pour s’emparer du secret.