Abord de l’U.S.S. EnterpriseTM de la Fédération des Planètes Unies, l’Amiral James T. Kirk (William Shatner) accomplit une mission d’inspection de routine. Il reçoit un appel urgent du laboratoire spatial Regular One. Khan (Ricardo Montalban), brillant renégat sur Terre au XXème siècle, et vieil ennemi de Kirk, s’est emparé d’un dispositif ultrasecret : le projet Genesis. À la tête d’une bande de surhommes génétiques, Khan menace l’Univers entier…