Le jeune Merlin arrive dans la ville mythique de Camelot, envoyé par sa mère auprès du médecin du roi, le sage Gaius. Dans ce royaume fantastique fait de bêtes mythiques et de personnes mystérieuses, les pouvoirs de Merlin doivent rester secrets : le roi Uther Pendragon a prévu une peine de mort pour quiconque pratiquerait la magie. Il fait alors la rencontre du prince Arthur, fougueux et têtu ; tout les éloigne, et pourtant, Merlin va vite découvrir que leurs destins sont intimement liés. Dès lors, Merlin se sert de ses talents pour révéler au grand jour les secrets mystiques de Camelot.