L'histoire suit les efforts héroïque de l'agence crypto-zoologique Monarch tandis que ses membres affrontent une colonie de monstres gigantesques, dont le légendaire Godzilla, qui devra faire face à Mothra, Rodan, et son ennemi ultime, le terrible King Ghidorah à trois têtes. Lorsque ces super-espèces antiques (qui n'étaient que légendes) se réveillent, elles se lancent dans un combat pour la suprématie, et toute l'humanité en est menacée.